東京バプテスト教会は様々な国籍を持つバプテストの独立した信徒達がイエス・キリストにある信仰によって、 日本における礼拝、交わり、証、奉仕を行うために集まり構成されています。東京バプテスト教会は、 東京在住の英語話者の必要を満たすために、新約教会のビジョンを持った宣教師たちによって創設されました。

1946年
日本において、軍人のバプテストフェローシップが組織される。

1957年 7月
フェローシップの会員が英語を共通語とする教会を東京に組織することを決定。

1958年 1月5日
軍人のバプテストフェローシップの57人の会員と宣教師たちが、目黒の恵泉バプテスト教会に集い、 新約教会を組織。W.H.Jackson, Jr.師 初代牧師 就任。南部バプテスト連盟に属するアメリカ国外 の初の英語を共通語とする教会となる。

1958年 4月13日
仮の教会建物献堂式。Winston Crawley氏 出席。

1959年 2月
渋谷の現在の教会の起工式。

1959年 11月1日
アメリカ駐日大使、日本の指導者、政府高官なども参列し、1週間の儀式において献堂式が行われる。 Bill Souther氏はAkio Watanabe氏と日本フィルハーモニーオーケストラのメンバーと共に聖歌隊の 指揮を担当。Milton Dupriest師 牧師就任。

1963年 10月
西南女学院大学の南部バプテスト宣教師で教授のMarion Moorhead師牧師就任。

1964年 8月
東京バプテスト教会は、日本バプテスト連盟に101番目に加盟。

1965年 3月7日
調布バプテスト教会が東京バプテスト教会の50人の会員によって始まる。

1971年 5月
Roy Edgemon師 牧師就任。Lange ホールが増築され献堂。

1975年 10月
Marion Moorhead師 牧師就任。

1975年 11月9日
渋谷バプテスト教会が東京バプテスト教会の会員によって始まる。

1981年
Richard Horn師 牧師就任。

1990年
William Warmth師 臨時牧師就任。

1993年 3月
Norman Wood師 牧師就任。

1999年 6月
Dennis Folds師 牧師就任。